Im Vorfeld jeder BuFaTa werden die stattfindenden Arbeitskreise (AKs) und Austauschrunden (ARs) von der ausrichtenden Fachschaft zusammen mit dem StAuB bestimmt. Hierbei werden sowohl die Empfehlungen der vorangegangenen Tagungen berücksichtigt als auch Themenwünsche der angemeldeten Fachschaften aufgenommen. Außerdem können zu ausgewählten Themen Gäste eingeladen werden (z.B. Studienkoordination, Qualitätsmanagment, Gewerkschaften, Studierendenverbände). Die Ergebnisse dieser Arbeitsgruppen sind durch die Protokolle und ausformulierten Positionen und Stellungnahmen festgehalten.